Nace en 1925 como producto del Primer Congreso Deportivo Nacional realizado en la ciudad de Guayaquil, por convocatoria de la Federación Deportiva del Guayas.

Se la considera, hasta hoy, Matriz del Deporte Amateur Nacional, pues cobija en su seno a las Federaciones Deportivas Provinciales de todo el Ecuador, que están legalmente afiliadas a ella (en la actualidad 24).

De acuerdo a la disposición legal, la Federación Deportiva Nacional se encarga de coordinar, asesorar y vigilar que sus filiales estén apegadas a sus disposiciones estatutarias. Además tiene la obligación de tramitar ante la Secretaría Nacional de Deporte - Ministerio del Deporte, los presupuestos anuales de cada organismo provincial; y a través de su Departamento Técnico Metodológico, asesorar a cada ente, para que lleve adelante el Plan Técnico de Trabajo de cada año, en armonía con el que se proyecta desde el organismo cupular del deporte del país.

También mantiene un plan de capacitación de cursos y seminarios, que tiene como objetivo el proveer de mayores conocimientos a los mandos técnicos y dirigenciales de toda la nación.

En la actualidad FEDENADOR, en la búsqueda de optimizar su acción hacia sus filiales, ha puesto en marcha el Sistema de Conferencias Virtuales, que permite enlazar a todas las Federaciones Deportivas Provinciales a través de la red, con el propósito de evitar que se generen onerosos gastos para el traslado del personal técnico a la ciudad en donde se realice la disertación.
Por otro lado, FEDENADOR ha puesto al servicio de la comunidad deportiva y del público en general las instalaciones del Teatro Auditorio y del Centro Médico, con la finalidad de que en el primero de los escenarios mencionados, destacado por contar con una avanzada tecnología de audio y video conferencia, se desarrollen actividades Educativas y Culturales que son parte fundamental en la formación integral del ser humano.

En lo que respecta al Centro Médico, se desarrollan procesos de recuperación física a deportistas de todo el país, para lo cual se cuenta con el respaldo calificado de expertos nacionales y extranjeros que ponen al servicio de quienes los necesitan sus mejores conocimientos, utilizando los mayores avances tecnológicos en lo que a equipos de rehabilitación se refiere, a fin de que los tratamientos que en este se realizan tengan el éxito por todos deseado.

De esta manera, FEDENADOR proyecta su imagen a todos los sectores del país.